Nie ma szczepionki przeciwko sepsie, istnieją jednak skuteczne szczepienia zabezpieczające przed zakażeniem poszczególnymi bakteriami wywołującymi sepsę.
Aktualnie dostępne są szczepionki przeciwko Haemophilus influenzae typu b (Hib), Neisseria meningitidis grupy C i A oraz dwa rodzaje szczepionek przeciwko wybranym serotypom pneumokoków. Szczepienie przeciwko Hib zostało w 2007 roku włączone do kalendarza obowiązkowych szczepień finansowanych z budżetu państwa, pozostałe szczepionki (przeciwko pneumokokom oraz meningokokom grupy C) nie są obowiązkowe, ale rekomendowane a ich koszt trzeba pokryć samemu.
Najważniejsze w leczeniu sepsy jest jak najszybsze podanie właściwej antybiotykoterapii. Konkretne leki dobierane są w zależności od tego, jakie bakterie wywołały zakażenie. I tak na przykład sepsę meningokokową można w większości przypadków skutecznie leczyć penicyliną, a w przypadku zakażeń Hib stosuje się cefalosporyny III generacji. Natomiast sepsa wywołana przez pneumokoki, które mogą być niewrażliwe na penicylinę, może wymagać podania cefalosporyny III generacji i wankomycyny. Dobór odpowiednich antybiotyków w leczeniu sepsy powinien być oparty na wynikach badań mikrobiologicznych i właściwie przeprowadzonych badań klinicznych , pozwalających na określenie, jakie antybiotyki najlepiej zadziałają na daną bakterię.