Rodzice, a i niektórzy lekarze, najbardziej boją się nieznanego - im więcej wiedzą, tym rzadziej i mniej się boją. Strach dotyczy przede wszystkim możliwości zachorowania po szczepieniu, bólu przy wkłuciu oraz przeciążenia układu odpornościowego.
Tak zwani antyszczepionkowcy dorabiają do tego filozofię i szukają pseudonaukowego uzasadnienia dla swoich koncepcji. Mówią, że zawarte w szczepionkach rtęć, aluminium, wirus odry czy świnki wywołują alergię czy choroby układu nerwowego. A nie ma żadnych dowodów na takie działanie wymienionych składników szczepionek. Nie oznacza to, że nigdy nie zachodzi związek między szczepieniem a wystąpieniem jakiejś choroby. Ale to bardzo rzadkie przypadki i nie jest to związek przyczynowo-skutkowy.
Szczepienie może być tylko bodźcem wywołującym objawy choroby, która była u dziecka w fazie ukrytej i jest najczęściej uwarunkowana genetycznie. Jednak takim czynnikiem wywołującym chorobę może być także infekcja wirusowa czy bakteryjna, a nie szczepionka.